循環(huán)游離 RNA（cfRNA）是一類存在于血液中的短片段 RNA，被認為來自機體細胞凋亡、組織更新或外泌體釋放。然而，cfRNA 易被 RNA 酶降解、含量低、片段短，長期以來它并不被視為液體活檢的理想材料。
2025 年 7 月 8 日，芝加哥大學(xué)何川教授團隊、香港科技大學(xué)張理升教授團隊等（芝加哥大學(xué)博士生鞠成威為第一作者）在 Nature Biotechnology 期刊發(fā)表了題為：Modifications of microbiome-derived cell-free RNA in plasma discriminates colorectal cancer samples 的研究論文。
該研究開發(fā)出一種新型 RNA 修飾測序方法--LIME-seq（Low-Input Multiple Methylation Sequencing），并進一步驗證了其可用于癌癥早篩。
在這項最新研究中，研究團隊開發(fā)了一種低輸入量多重甲基化測序方法--LIME-seq（Low-Input Multiple Methylation Sequencing），用于分析 cfRNA 中的修飾模式，其能夠檢測到源自人類基因組和微生物組的多種 tRNA（transfer RNA）和小非編碼 RNA（small noncoding RNA）。
LIME-seq
其中，微生物組來源的 cfRNA 中的 RNA 修飾模式能準(zhǔn)確反映宿主微生物群的活動，研究團隊在結(jié)直腸癌患者和非癌對照者血漿樣本中進行了 LIME-seq 分析，結(jié)果顯示，結(jié)直腸癌患者血漿中多種微生物來源的 cfRNA 甲基化水平顯著升高，能夠精準(zhǔn)區(qū)分癌癥患者與非癌個體。此外，研究團隊在胰腺癌患者樣本中觀察到了同樣的微生物來源的 cfRNA 甲基化水平的差異，表明 LIME-seq 分析可用于腸道及非腸道癌癥的早期檢測。
這項研究首次在超過百例受試者的臨床樣本中，系統(tǒng)性地展示了 cfRNA 修飾圖譜在癌癥早篩中的可行性與有效性。該研究不僅揭示了微生物來源的 cfRNA 廣泛存在于人類血漿中，而且明確了其修飾水平的變化與腫瘤狀態(tài)密切相關(guān)。相比傳統(tǒng)的 RNA 表達量檢測，cfRNA 修飾更穩(wěn)定、信號更早，尤其適用于捕捉癌癥早期的微弱生物學(xué)變化，該研究開發(fā)的 LIME-seq 幾乎，為可結(jié)直腸癌集其他癌癥的早篩提供了新思路。
論文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41587-025-02678-w
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