4年前的重磅Nature論文被撤稿：微生物組與癌癥的相關(guān)性竟源自錯誤分析

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來(lái)源：生物世界

2024-07-19

研究對33種癌癥的18116個(gè)樣本的癌癥基因組圖譜（TCGA）的全基因組和全轉錄組測序結果進(jìn)行了分析，在大多數主要類(lèi)型的癌癥內部和之間的組織和血液中發(fā)現了獨特的微生物特征，并進(jìn)一步建立了人工智能模型，作為基于微生物組的癌癥診斷工具。

我們生活的世界中到處都有著(zhù)微生物的存在，它們對我們生活的許多方面都產(chǎn)生了深遠的影響，許多關(guān)于微生物及其基因組（統稱(chēng)為微生物組）的研究都集中在腸道上，這是人體大多數微生物所定植的地方，這些微生物會(huì )影響癌癥嗎？

2020年3月，加州大學(xué)圣地亞哥分校的 Rob Knight 團隊在 Nature 期刊發(fā)表了題為：Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach 的研究論文。

該研究對33種癌癥的18116個(gè)樣本的癌癥基因組圖譜（TCGA）的全基因組和全轉錄組測序結果進(jìn)行了分析，在大多數主要類(lèi)型的癌癥內部和之間的組織和血液中發(fā)現了獨特的微生物特征，并進(jìn)一步建立了人工智能模型，作為基于微生物組的癌癥診斷工具。

然而，近日，Nature 期刊撤回了這篇備受關(guān)注的論文。

Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach 研究論文

撤稿原因是，2023年10月，約翰·霍普金斯大學(xué)的研究人員在 mBio 期刊發(fā)表文章，他們重新分析了上述 Nature 論文的數據，這篇發(fā)表于 Nature 的論文報告了微生物的DNA特征與人類(lèi)33種不同癌癥類(lèi)型之間存在很強的相關(guān)性，并創(chuàng )建了在區分癌癥方面具有近乎完美準確性的機器學(xué)習預測器。

然而，約翰·霍普金斯大學(xué)的研究人員發(fā)現，這些數據和方法中發(fā)現了至少兩個(gè)根本性的缺陷：

1、基因組數據庫和相關(guān)計算方法的錯誤導致所有樣本中出現了數百萬(wàn)個(gè)細菌讀數的假陽(yáng)性結果，主要是因為大多數被鑒定為細菌的DNA序列實(shí)際上是人源的；

2、原始數據轉換中的錯誤產(chǎn)生了一種人為特征，即使對于未檢測到讀數的微生物也是如此，為每種腫瘤類(lèi)型標記了一個(gè)獨特的信號，機器學(xué)習程序隨后利用該信號創(chuàng )建了一個(gè)看似準確的分類(lèi)器。

這兩個(gè)缺陷中的每一個(gè)都使論文的結論無(wú)效，因此，論文基于這些結論提出的基于微生物組的癌癥識別分類(lèi)器完全錯誤。

此外，這些錯誤還影響了后續十多項使用該論文中相同數據的已發(fā)表研究，這些研究結果可能也同樣無(wú)效。