近日，承啟生物發(fā)布由其首席科學(xué)家、暨南大學(xué)張弓教授團隊研發(fā)的一種方便操作、超高精度蛋白質(zhì)全長(cháng)測序方案，準確率可達99-100%，刷新了迄今為止的世界紀錄。該方案使得蛋白質(zhì)測序實(shí)用化，在生物學(xué)、醫學(xué)、生物安全、法醫物證等領(lǐng)域有廣闊的應用前景。
蛋白質(zhì)是由20種氨基酸組成的長(cháng)鏈，是所有生命功能的實(shí)際執行者。氨基酸序列決定著(zhù)蛋白質(zhì)的功能，絕大多數疾病都是由于蛋白質(zhì)的異常而導致的。雖然絕大部分蛋白質(zhì)由基因轉錄翻譯而來(lái)，但許多機制可以使蛋白質(zhì)序列在這個(gè)過(guò)程中發(fā)生變化，一個(gè)基因可以產(chǎn)生少則一兩種、多則幾萬(wàn)種不同的蛋白質(zhì)，因此對蛋白質(zhì)的序列進(jìn)行直接研究就尤為重要。
蛋白質(zhì)測序的精準化和實(shí)用化，在許多領(lǐng)域可以產(chǎn)生前所未有的應用。例如，利用蛋白質(zhì)測序比核酸測序更快速、更不容易被污染干擾的特點(diǎn)，癌癥、老年癡呆等重疾的早篩和診斷將變得更加快捷方便；遇到生物安全事件（如重大疫情）時(shí)，蛋白質(zhì)測序能幾個(gè)小時(shí)內快速鎖定病原體，大幅縮短疫情初期明確病原體的周期，為應對疫情爭取寶貴時(shí)間；抗體藥物研發(fā)過(guò)程中對篩選出的優(yōu)秀抗體進(jìn)行直接測序，將可以很快通過(guò)合成生物學(xué)方法大量生產(chǎn)這種抗體，大大縮短抗體藥物的研發(fā)周期；蛋白質(zhì)測序技術(shù)也可以輕松破解被國外壟斷的蛋白質(zhì)制劑，大幅度降低藥品價(jià)格；測定從環(huán)境中分離到的具有優(yōu)異特性的蛋白質(zhì)，如細菌真菌中降解各種污染物的酶，加以改造和工業(yè)應用，可實(shí)現綠色環(huán)保低碳的發(fā)展目標。
蛋白質(zhì)測序技術(shù)在1967年就已出現，這比基因測序技術(shù)早了約10年，然而現在基因測序技術(shù)已高度成熟發(fā)達，蛋白質(zhì)測序技術(shù)卻一直進(jìn)展緩慢，完整度低、精準度低、成本高，導致蛋白質(zhì)測序一直沒(méi)有得到大范圍的應用。這其中最 大的區別在于，DNA可以準確地進(jìn)行復制或互補配對，幾乎所有基因測序技術(shù)都基于此，而蛋白質(zhì)無(wú)法復制，也無(wú)法依據序列來(lái)配對。
張弓教授團隊在基因測序方面深耕多年，其全自主開(kāi)發(fā)的FANSe系列核酸測序算法是迄今為止穩健性和準確性最 高的比對算法，同時(shí)具備很高的容錯性。團隊將基因組測序中的分步拼接和使用FANSe進(jìn)行高精度校正的思想移植到蛋白質(zhì)測序上，對蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析進(jìn)行了策略改進(jìn)，對同一樣品的多份質(zhì)譜數據進(jìn)行自我比對和校正，最終對蛋白質(zhì)全長(cháng)序列的測序準確度達到了空前的99-100%，甚至可以發(fā)現買(mǎi)來(lái)的標準品蛋白中存在著(zhù)突變。在不同結構特性的多個(gè)蛋白質(zhì)的測試中，一律能達到近乎完 美的全長(cháng)測序結果，除非質(zhì)譜儀測不出原始數據。更令人欣喜的是，這個(gè)策略甚至能應對質(zhì)量較差的、有污染的實(shí)驗數據，同樣能穩健地輸出準確的結果。實(shí)驗操作簡(jiǎn)便，算法也大部分可自動(dòng)化運行，因此這種方法成本低、速度快、易于推廣。
正如基因測序精準化、廉價(jià)化之后引發(fā)人類(lèi)生活和產(chǎn)業(yè)的巨變一樣，蛋白質(zhì)測序精準化、廉價(jià)化，將又一次給人類(lèi)社會(huì )帶來(lái)巨變。
目前，這一蛋白質(zhì)測序方法的論文已在分析化學(xué)的權威期刊Analytical Chemistry上發(fā)表，算法可在承啟生物網(wǎng)站上免費下載：http://chi-biotech.com/mucs/
參考資料：Highly Robust de Novo Full-Length Protein Sequencing, Anal. Chem. 2022, 94, 8, 3467–3475
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