康奈爾大學(xué)生物醫學(xué)工程學(xué)院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開(kāi)發(fā)了一款更健全的、低成本的方法解決了這個(gè)問(wèn)題，不僅推動(dòng)了單細胞基因組學(xué)發(fā)展，而且為感染和免疫生物學(xué)研究提供了一條新途徑。
這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing and Transcriptome Profiling in Single Cells”的文章最近發(fā)表在Nature Methods雜志，De Vlaminck實(shí)驗室的博后研究員Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是這篇文章的主要作者。
2015年，來(lái)自哈佛大學(xué)和麻省理工學(xué)院的研究人員開(kāi)發(fā)了Drop-seq，一種使用納米級液滴，并向每個(gè)細胞的RNA附加唯一的識別符號，同時(shí)且有效表征數千細胞特性的方法，而且非常便宜，對許多實(shí)驗室來(lái)說(shuō)可以很容易實(shí)現。
“現在這項技術(shù)非常流行，因為它降低了這類(lèi)分析的成本，”De Vlaminck說(shuō)。然而，缺點(diǎn)是它們只能識別某種信使RNA（mRNA），限制了其他潛在分析范圍。
De Vlaminck等人提出了一個(gè)簡(jiǎn)單、廉價(jià)的改進(jìn)方法，他們將其命名為：液滴輔助RNA靶向單細胞測序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing，DART-seq)。
Drop-seq將每個(gè)細胞封裝在啟動(dòng)細胞mRNA逆轉錄的標記微粒中，DART-seq的改進(jìn)之處在于，在Drop-seq常規分析之前，采用酶法定制空心珠，從而回收和分析更多種類(lèi)分子。
此外，該技術(shù)能夠區分病毒感染細胞，并定量病毒和宿主基因表達，從而能夠輕而易舉地在單細胞水平上檢查宿主對病毒感染的反應。
“單株病毒極具多樣性，正因如此，它們可以做許多不一般的事，”Burnham說(shuō)。“如果你能縮小到單細胞水平，你就可以看到病毒微小變化是如何導致細胞應答的巨大差異。”
Saikia認為DART-seq對癌癥治療可以提供許多有益信息。“癌細胞是非常異質(zhì)性的，”她說(shuō)。“如果你不從單細胞水平觀(guān)察它們，你就會(huì )錯過(guò)重要信息，所以我們才需要有更鋒利的工具。”
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