論文題為“lncRNA Epigenetic landscape analysis identifies EPIC1 as an oncogenic lncRNA that interacts with MYC and promotes cell-cycle progression in cancer”。
研究者們進(jìn)一步克隆出了一個(gè)在癌癥中通過(guò)啟動(dòng)子去甲基化激活的促癌長(cháng)非編碼RNA，并將其命名為EPIC1 (Epigenetically induced lncRNA 1)。研究發(fā)現，EPIC1的作用機制主要是通過(guò)與MYC蛋白相互作用調控MYC靶基因轉錄，從而促進(jìn)腫瘤細胞的周期進(jìn)程與癌癥的發(fā)生。該論文的第一作者為王澤華博士和楊波博士。
長(cháng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類(lèi)長(cháng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的RNA分子，來(lái)自于基因組的非編碼區域， 絕大部分的lncRNA基因功能和作用機制尚不明確。近年來(lái)多項研究表明，lncRNA在許多生物學(xué)過(guò)程中起重要作用。在正常細胞中，LncRNA表達和組織特異性的主要表觀(guān)遺傳機制（包括DNA甲基化）調控。與此同時(shí)，DNA甲基化改變已被確定為腫瘤發(fā)生的重要標志。然而，人們對lncRNA基因在癌癥中的DNA甲基化改變及其在癌癥中作用仍然知之甚少。
在該項研究中，研究人員通過(guò)系統地分析TCGA（The Cancer Genome Atlas）中6475個(gè)腫瘤樣品的DNA甲基化水平和基因表達數據，全面解析了癌癥中受DNA甲基化調控的lncRNA，進(jìn)而篩選出了1006個(gè)在各種癌癥中受DNA去甲基化水平調控并高表達的lncRNA。研究者們推測，如果一些lncRNA啟動(dòng)子去甲基化在腫瘤中反復出現，它們可能對腫瘤的發(fā)生和發(fā)展起重要作用。事實(shí)上，在本研究鑒定的lncRNAs中，包括許多已知的與癌癥相關(guān)的lncRNA，例如KCNQ1OT1，MEG3，MINCR，HOTAIR和WT1-AS等。
有趣的是，lncRNA基因甲基化分析結果表明，在癌癥中改變頻率的卻是一個(gè)功能未知的lncRNA，研究人員把這個(gè)基因克隆出來(lái)并命名為EPIC1。對EPIC1的進(jìn)一步研究發(fā)現，它在各種癌癥中都高表達，并與病人預后顯著(zhù)相關(guān)。在體外和動(dòng)物實(shí)驗中，EPIC1均能促進(jìn)腫瘤細胞的生長(cháng)。作用機制上，EPIC1可以通過(guò)它的129-283 nt 區域與MYC蛋白相互作用，共同調控MYC靶基因的轉錄，從而促進(jìn)腫瘤細胞周期進(jìn)程。
MYC是能夠促進(jìn)癌癥發(fā)生和發(fā)展的重要致癌基因之一。作為致癌基因，MYC可以通過(guò)多種機制在癌細胞中被激活。染色體重排被認為是MYC最常見(jiàn)的激活方式。其他MYC激活機制包括轉錄調控，mRNA的穩定性和蛋白質(zhì)水平調控。然而，關(guān)于lncRNA是否能夠激活MYC尤其是MYC轉錄功能的信息還未見(jiàn)報道。EPIC1是目前已知的能通過(guò)與MYC相互作用來(lái)調控其轉錄功能的唯一一個(gè)促癌長(cháng)鏈非編碼RNA。
這一研究發(fā)現拓展了人們對MYC激活癌癥發(fā)生機制的認識，并為靶向MYC的癌癥治療研發(fā)提供了新的方向。同時(shí)，這項研究還通過(guò)生物信息學(xué)分析在20種癌癥中建立了健全的lncRNA甲基化改變圖譜，為日后研究這些功能未知的lncRNA基因鋪平了道路。
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